提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
(新春走基层)探访重庆火车北站春运:行囊装满喜悦 温暖守护归程******
中新网重庆1月12日电 题:探访重庆火车北站春运:行囊装满喜悦 温暖守护归程
作者 张霁雯
虽正值深冬,但重庆近日来阳光明媚,充满暖意。春节临近,重庆火车北站地面广场往来旅客络绎不绝。有的拖着行李箱,步履匆匆,有的携妻带子,笑声朗朗,还有的成群结队、谈笑风生,静候列车的到来......
随着2023年春运正式拉开帷幕,作为重庆主要铁路集散地之一的火车北站忙碌而有序,客流呈现回暖态势。于旅客,这是承载着归家喜悦的温馨旅途,于护航春运的各相关部门,这只守护平安与畅通的用心坚守。
多措并举 助力旅客便捷出行
春运期间,随着客流量逐渐增加,重庆北站物业服务单位——两江产业集团旗下渝高物业公司火车北站项目部客服岗4名工作人员愈加忙碌。他们穿梭在地面广场、进出站口、站台扶梯等各处,做好指引和帮扶服务,协助南来北往的旅客顺利踏上返乡归途,“橘色马甲”的身影格外醒目。
图为旅客们踏上返乡之路。 张霁雯 摄“姑娘,我要坐高铁,应该从哪里进站......”北2进站口,一位独行的老婆婆攥着纸片,寻求帮助。张艺见状立即来到她身旁,根据纸片信息,耐心地指导其如何找到进站口、车次、检票口,送对方顺利进站后才离开。
在北广场,高雨涵的视线始终落在旅客身上,“我们的工作包括为旅客提供乘车咨询,路线指引,失物招领等服务,因为许多旅客有换乘长途汽车和轨道交通的需要,这几天问路的情况较多。”她说。
身着制服的安保人员则穿梭在地面广场、地下车库、出租车上客区、消防监控中心等地,分班组24小时不间断巡逻值守。安保人员李胜告诉记者,巡逻期间重点开展安全隐患排查,客流引导,规范停车,疏散交通等工作,同时向周边商户加强用火用电安全、应急演练、烟花爆竹禁燃禁携带宣传,压紧压实安全生产责任,提升事故防范处置能力。
为旅客营造一个干净整洁的出行环境尤为重要,北站项目部在加派保洁人手、增加保洁设施设备的同时,还制定了详细的保洁方案,划定以地面广场、城市通廊、换乘大厅、出租车道、公共卫生间为主的重点区域。
据重庆火车北站地区综合管理局消息,经预测,春运期间重庆北站预计发送旅客388万人,客流高峰日将在1月18日(腊月二十七)左右出现。“就目前的预售情况来看,郑渝高铁方向的车票比较紧俏。预计1月20日、21日的车票预售也将非常火爆。”北站项目部经理邓吉利说。项目部将配合站区相关单位做好春运服务保障,不断延伸工作触角,扩大服务半径,完善便民功能,确保春运期间旅客出发安全、返程顺利。
图为进站旅客络绎不绝。 张霁雯 摄回家路上 充满兴奋与期待
“麻烦帮我拍张照,谢谢。”在南广场,来自天津南开区的张先生请记者帮忙留下了一张北站“打卡”照,随后传到了家庭群里。这是他第一次来西南地区旅游,从成都一路游玩到重庆,正准备带着满满的收获回乡。
“在重庆,我逛了解放碑、洪崖洞,体验了‘轻轨穿楼’,山城步道爬到腿软,给我留下了深刻的印象。”张先生说,旅途非常愉快,已经迫不及待想要回去和家人分享了。
老家在湖北荆州的赵先生拖着行李箱,肩上还挂着一个大袋子,都是重庆的“土特产”,“有火锅底料、老腊肉、麻花、米花糖等,带给亲戚家孩子尝尝。”
听到有食物,一旁赵先生的小儿子兴奋地嚷嚷了起来:“我想吃奶奶家的风干鸡和鱼糕。”“快了快了,我们的列车12点就开咯!”说着说着,一家人走向了候车厅。
发车时间还早,来自合川的向先生和同伴们正在北广场上晒太阳聊天,他们在河北务工,前一天才刚回重庆。“坐高铁再转汽车,今天晚上就能到家。”说起回家,他们眼中全是期待,隔着口罩,难掩兴奋。(完)
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